【2026年最新版】ECコンサルが選ぶ_EC物流代行おすすめ6社比較｜楽天・Amazon・自社EC一元出荷

楽天市場・Amazon・自社ECで併売していると、「チャネルごとに在庫と出荷がばらばらで、発送が追いつかない」という悩みを抱えがちです。結論から言うと、併売事業者は、全チャネルとシステム連携でき、1か所の在庫から出荷できる物流代行を選ぶのが合理的です。在庫をまとめるだけで、売り越しや欠品のリスクと出荷作業の負担を同時に減らせます。

この記事では、一元出荷に強いEC物流代行おすすめ6社を比較表で紹介します。あわせて、楽天やAmazonの物流サービスとの違いと、失敗しない選び方の基準を解説します。

この記事でわかること

• 複数チャネル併売に強いEC物流代行おすすめ6社の特徴と料金体系
• 楽天やAmazonの物流サービスだけでは足りない理由
• 在庫を一元化して出荷する仕組みとメリット
• 併売事業者が物流代行を選ぶ5つの基準
• 物流代行へ切り替えるときの手順と注意点

この記事の想定読者

• 楽天市場・Amazon・自社ECなど複数チャネルで販売しているEC担当者の方
• 出荷件数が増え、自社での梱包・発送が限界に近づいている方
• RSLやFBAと外部の物流代行のどちらを使うべきか迷っている方

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複数チャネル併売の発送代行はどこがおすすめか？

併売事業者におすすめなのは、モール・カートとのシステム連携と在庫の一元管理に対応した物流代行です。ここでは、その条件を満たす5社を比較表で整理し、一元出荷の仕組みを解説します。

おすすめ5社の比較表（料金体系・強み・向いている事業者）

5社は、料金を公開していて小さく始めやすい会社と、個別見積もりで作り込める会社に分かれます。以下は、各社の公開情報をもとに比較した表です（2026年11月時点）。

会社	料金体系	強み	向いている事業者
オープンロジ	固定費ゼロの従量課金	全国の倉庫網とAPI連携	小ロットから始めたい
STOCKCREW	初期・固定費0円、260円〜	ロボットによる自動化と低価格	常温商品を低コストで出荷したい
スクロール360	60サイズ580円〜（税別）	高い出荷精度と同梱物の制御	リピート通販・D2C
三協	個別見積もり	複数モールの在庫一元管理	販売チャネルが多い中規模以上
イー・ロジット	個別見積もり	365日稼働の大規模センター	出荷量が多く繁忙期の波が大きい

表の料金は各社が公開している最低価格や料金の形態です。配送運賃や付帯作業費の扱いは会社ごとに異なるため、実際の総額は見積もりで比較してください。

一元出荷とは：1か所の在庫から全チャネルへ出荷する仕組み

一元出荷とは、複数チャネルの注文を1つの倉庫の在庫から出荷する運用のことです。楽天市場・Amazon・自社ECの注文がシステム経由で倉庫に集まり、同じ在庫から順に出荷されます。

• チャネルごとに在庫を分けないため、売れ筋が特定チャネルで欠品しにくい
• 出荷実績がシステムで各チャネルに戻るため、在庫数のずれが起きにくい
• 入荷・検品・保管の窓口が1つになり、管理工数が減る

楽天やAmazonの物流サービスだけでは足りないのはなぜか？

楽天市場とAmazonは、それぞれ自前の物流サービスを提供しています。ただし、どちらも自社モールでの販売を中心に設計されているため、併売では在庫が分かれやすくなります。それぞれの特徴と、在庫が分かれることの問題を見ていきます。

RSLは楽天市場の注文が前提になる

RSL（楽天スーパーロジスティクス）とは、楽天市場の出店者向けに楽天が提供する物流代行サービスのことです。楽天市場の注文処理と相性がよく、出店店舗の約5分の1が利用していると報じられています。

一方で、Amazonや自社ECの注文もRSLから出荷するには、別の受注管理システムとの連携が必要になります。また、RSLは2025年6月に利用料金を改定しており、外部の物流代行と比較する事業者が増えています。

FBAでは在庫がAmazonの倉庫に分かれる

FBA（フルフィルメント by Amazon）とは、Amazonが出品者の商品を保管・出荷するサービスのことです。FBAマルチチャネルサービスを使えば、Amazon以外で受けた注文もAmazonの倉庫から出荷できます。

ただし、この場合も在庫はAmazonの倉庫に置き、Amazonの納品ルールに従うことが前提です。自社ECで同梱物やギフト包装にこだわりたい場合は、運用の自由度を事前に確認しましょう。

在庫が分散すると、売り越しや欠品が起きやすくなる

RSL・FBA・自社倉庫に在庫を分けると、チャネル間で在庫を融通できなくなります。その結果、あるチャネルでは欠品し、別のチャネルでは在庫が余る状態が起きやすくなります。

項目	在庫をチャネルごとに分ける	在庫を1か所にまとめる
欠品リスク	チャネル単位で起きやすい	全体の在庫で吸収しやすい
納品作業	倉庫ごとに必要	1か所への入荷で済む
在庫数の把握	倉庫ごとに確認が必要	1つの画面で確認できる

モールの物流サービスと外部の物流代行は、どちらかに限る必要はありません。売上の大半が1つのモールに集中しているかどうかで、使い分けを判断するのが現実的です。

一元出荷に強いEC物流代行おすすめ5社

ここからは、比較表で紹介した6社の特徴を詳しく見ていきます。料金は2026年11月時点の公開情報で、配送運賃やオプション費用の扱いは各社で異なります。

オープンロジ：固定費ゼロの従量課金で小ロットから始められる

オープンロジは、全国の提携倉庫をネットワーク化した物流プラットフォームです。固定費ゼロの従量課金で利用でき、2024年1月末時点で約13,000アカウントが導入しています。

API連携によって、ECモールやカートからの出荷を自動化できます。出荷件数がまだ少なく、まず標準的な仕様で物流を外注したい事業者に適しています。

STOCKCREW：自動化倉庫で低価格を実現

STOCKCREWは、初期費用・固定費0円、全国一律260円〜（投函型）で発送できる物流代行です。梱包作業費と資材費が料金に含まれ、最短7日で利用を開始できます。導入実績は2,200社以上です。

倉庫では自動搬送ロボット（AMR）110台が稼働しています。対応は常温商品のみで、冷蔵・冷凍品、医薬品、酒類には対応していません。扱う商材が対象に含まれるか、事前に確認しましょう。

スクロール360：高い出荷精度と同梱物の制御に強い

スクロール360は、通販大手スクロールグループのノウハウを生かした物流代行です。誤出荷率0.0016%以下を公表しており、同梱物の制御は3,000〜5,000パターンの対応実績があります。

中小規模向けの「ライトプラン」は、60サイズで1出荷580円（税別）から利用できます。購入回数に応じて同梱物を変えるなど、リピート施策を物流で支えたい事業者に向いています。

三協：複数モールの在庫一元管理と土日の出荷に対応

三協は、複数モール・販売チャネルの在庫一元管理に対応した物流代行です。自社開発の倉庫管理システムを持ち、Shopifyやネクストエンジンなどの主要ツールと連携できます。

土日祝の即日出荷にも対応しており、販売チャネルが多い事業者の物流を一括で任せやすい会社です。料金は商品サイズや出荷件数に応じた個別見積もりです。

イー・ロジット：365日稼働の大規模センター

イー・ロジットは、2000年の設立以来1,700社以上を支援してきたフルフィルメント会社です。入庫から在庫管理、梱包・出荷、返品対応までをワンストップで担います。

365日稼働のセンター体制を持ち、大規模な出荷や繁忙期の物量増にも対応しやすいのが特徴です。料金は委託範囲に応じた個別見積もりとなります。

併売事業者が物流代行を選ぶ5つの基準とは？

併売事業者が物流代行を選ぶときは、システム連携、料金体系、波動対応、モールの配送基準、梱包の柔軟性の5つを確認します。料金だけで選ぶと、連携や繁忙期対応で後から追加費用が発生しがちだからです。

基準1：使っているモール・カートとシステム連携できるか

最初に確認すべきは、販売中のすべてのチャネルと注文・在庫が自動で連携できるかです。1チャネルでも手作業が残ると、一元出荷のメリットが薄れます。

• 楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社カートとの連携可否
• 受注管理システム（ネクストエンジンなど）を経由する場合の連携方法
• 出荷完了と追跡番号が各チャネルへ自動で戻るか

基準2：料金体系が固定費型か従量課金型か

出荷件数が少ないうちは従量課金型、件数が安定して多いなら固定費を含む料金体系が有利になりやすい傾向があります。見積もりは、保管料・作業料・配送運賃・システム利用料を合算して比較しましょう。

基準3：楽天スーパーSALEなどの波動に対応できるか

併売事業者は、モールの大型セールで出荷が数倍に跳ね上がることがあります。セール時の出荷上限と、締め時間を過ぎた注文の扱いを契約前に確認してください。複数モールのセールが重なる時期の対応も聞いておくと安心です。

基準4：モールの配送品質基準を満たせるか

楽天市場の配送品質向上制度やAmazonの出荷基準など、モールが定める基準を満たせるかも重要です。出荷までのリードタイムや当日出荷の締め時間が、モールの条件に合うか確認しましょう。

基準5：同梱物や個別梱包に対応できるか

自社ECでリピート施策を行うなら、同梱物の出し分けやギフト包装への対応力が欠かせません。チャネルごとに同梱物を変えられるかも確認しておきましょう。

なお、物流を任せても、モールごとの販促計画や在庫の発注判断は事業者側に残ります。物流と販売の両方を見直したい場合は、ECのコンサルティング・運営代行を組み合わせる方法もあります。

物流代行への切り替えはどう進めるか？

物流代行への切り替えは、見積もりから本稼働まで段階的に進めるのが基本です。ここでは標準的な手順と、移行期間の注意点を紹介します。

【手順】見積もりから本稼働までの5ステップ

切り替えは「見積もり→契約→システム連携→テスト出荷→本稼働」の5段階で進めます。各段階で確認すべきことは次のとおりです。

1. 見積もり：月間出荷件数、SKU数、商品サイズ、チャネル別の構成比を伝えて複数社から取得する
2. 契約：作業範囲、繁忙期の対応、誤出荷時の責任範囲を明記する
3. システム連携：各チャネルとの受注・在庫・出荷データの連携を設定する
4. テスト出荷：一部の商品で出荷し、梱包品質と在庫の反映を確認する
5. 本稼働：全商品を移し、最初の数週間は出荷状況を毎日確認する

移行期間中に欠品を出さないための注意点

移行時は、旧倉庫と新倉庫で在庫が二重に存在する期間をつくらないことが重要です。在庫移動の日は、各チャネルの在庫数を一時的に絞っておくと売り越しを防げます。

• 大型セールの直前・最中の切り替えは避ける
• 在庫移動の当日は、入荷検品が終わるまで出荷を止める時間帯を設ける
• RSLやFBAに残す在庫と、外部倉庫へ移す在庫の分け方を事前に決める

EC物流代行に関するよくある質問

最後に、EC物流代行を検討する際によく寄せられる質問にお答えします。本文で触れきれなかった用語や併用の疑問を中心にまとめました。

Q. 物流代行と発送代行は何が違いますか？

A. ほぼ同じ意味で使われます。発送代行は梱包・発送を中心に指し、物流代行は入荷・保管・在庫管理・返品対応まで含めて指すことが多い言葉です。依頼前に、どこまでの業務が料金に含まれるか確認しましょう。

Q. 月間の出荷件数が少なくても委託できますか？

A. 委託できます。初期費用や固定費がかからない従量課金型の会社であれば、少ない件数からでも利用しやすくなります。1日1件から相談できる会社もあるため、件数を伝えて見積もりを取りましょう。

Q. RSLやFBAと外部の物流代行は併用できますか？

A. 併用できます。売れ筋だけをFBAに置き、残りを外部倉庫から全チャネルに出荷する方法もあります。ただし在庫が分かれるため、各倉庫の在庫数を一元的に把握できる仕組みを用意してください。

Q. 物流代行に切り替えると、配送品質の評価はどうなりますか？

A. 委託先がモールの基準を満たす出荷体制であれば、評価を維持・改善しやすくなります。出荷リードタイムや締め時間がモールの条件に合うかを、契約前に委託先へ確認することが大切です。

Q. 委託先を変えるとき、在庫の移動はどうなりますか？

A. 旧倉庫から新倉庫へ在庫を輸送し、入荷検品を経て出荷可能になります。移動中は出荷できない時間が生じるため、セール期間を避け、チャネル側の在庫数を一時的に調整して移行しましょう。

まとめ

• 楽天市場・Amazon・自社ECで併売するなら、在庫を1か所にまとめて出荷できる物流代行が有効
• RSLやFBAは自社モール中心の設計のため、併売では在庫が分かれやすい
• おすすめ6社は、料金を公開していて小さく始めやすい会社と、個別見積もりで作り込む会社に分かれる
• 選定は、システム連携、料金体系、波動対応、モールの配送基準、梱包の柔軟性の5基準で行う

まずは、チャネル別の月間出荷件数とSKU数を整理し、2〜3社から見積もりを取ることから始めましょう。

「チャネルごとに在庫がばらばらで管理できない」
「出荷作業に追われて販促に手が回らない」
「楽天とAmazonの売上が伸び悩んでいる」
「物流を外注した後の運営体制が不安」

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