【2025年最新版】Shopify運用代行・制作のおすすめ会社12選｜費用相場と選び方も解説

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自社ECサイトを考えることは、もはやほとんどの企業にとって当たり前になりつつありますが
ECサイトの構築プラットフォームも数多くの選択肢があります。

その中で、世界NO. 1シェア数を誇っているのが「Shopify（ショッピファイ）」です。

Shopifyは、ECサイトの構築や運用のための機能がそろっているプラットフォーム型のECサービスで
ECサイトの立ち上げ、リニューアルはShopifyで行いたいと考えている方も増えています。

相対的に安価で言語や通貨などの面で海外向けECサイト（越境EC）対応もしやすく、
楽天市場・Amazonに加えてInstagram・Facebook・TwitterなどのSNSとも連携が可能です。

この記事ではShopifyでECサイトを制作するにあたって、構築や運用代行する制作会社を選ぶポイントとおすすめの会社を紹介します。

自社のECサイト制作を依頼する際の参考にしてください。

Shopifyでの自社ECサイト構築を制作会社に依頼するメリット

• 社内リソースを会社のコア業務に専念させられる
• 制作会社の技術・ノウハウを活用できる
• 集客施策やサイト構築後の運用も依頼できる

自社の社員を企画や販促などのコア業務に集中させたい方やECサイトの構築・運用経験がない方は、制作代行・運用代行がおすすめです。
Shopifyはテンプレートがあらかじめいくつか用意されており、比較的手軽にECサイトを運営できるサービスですが、実績豊富な制作会社に依頼することで更なる差別化を図ることができます。

自社でサイトの構築から運用まで行う場合、人員の配置換えや新たな人材の雇用が必要となり、結果的に人件費が増加することがあります。その点、運用に特化した制作会社に依頼すれば、自社社員はコア業務に集中することができ、トータルで見れば専門的な人材を確保するよりも低コストで抑えられます。

また集客面では、各広告運用やSNS運用、SEO対策など運用業務にかかせないサポートが充実しているのが運営代行・制作会社を頼むメリットになります。

Shopifyの「作り方・構築方法」については、こちらの記事も合わせてご参照ください。

Shopifyのサイト構築方法や料金、設定の手順、ポイントを徹底解説！

また、Shopify以外でも自社でお持ちのネットショップの売上が思うように伸びてない方は、こちらの記事も合わせてご参照ください。売上改善に必要はチェックリストをまとめております。

【2025年最新版】自社ネットショップの売上が伸びない原因と改善策｜EC担当者が押さえるべき20のチェックポイント

Shopifyでの自社ECサイト構築を制作会社に依頼するデメリット

• 制作コストが高い
• 制作スケジュールは依頼先の状況に依存する

メリットにて制作代行はトータルで見れば低コストで抑えられるとお話をしましたが、
制作費用は約30万円程度から高い場合は1000万円超とかなり幅広いです。

サイトに持たせたい役割や自社ECサイトの規模によって大きく異なりますが、初期の投資と考えておかなければいけません。 自社のECサイトに必要な機能や予算をもとにし、最適な制作代行会社を探すことが非常に大切になります。

また制作代行会社選びに時間を掛けていると、ECサイトのオープンが先延ばしになり、販売機会の損失が発生します。

ECサイトで出す商品には、いかに早く構築し、公開するのかも重要なポイントです。 損失を出さないためにも、販売開始から逆算し制作代行会社の選定、依頼、構築など余裕を持ったスケジュールを組まなければいけません。

Shopifyの構築に強い制作会社の比較ポイント

Shopify Select（セレクト）パートナー以上に認定されているか

制作会社を選ぶポイントで一番判断しやすいのは、Shopify Select（セレクト）パートナーに認定されていることです。

Shopify Selectパートナーとは、Shopifyパートナーの中でもShopifyの公式な審査を受けて実績を認められたパートナー企業、またはフリーランスです。パートナーは、単に実績数を報告するだけでなく、実際に構築したサイトの内容まで審査されるため、Shopifyの構築スキルやクオリティが高いことが保証されています。

パートナーランクは、上位から

• ShopifyPlatinumパートナー
• ShopifyPremierパートナー
• ShopifyPlusパートナー
• ShopifySelectパートナー
• Registered

※2025年に従来は3段階だったパートナー制度が変更になり5段階に細分化されております。

の5つに分けられます。

ランク（階層）	説明・対象	主な認定要件（目安）	備考・メリット
Registered Partner（登録）	最もエントリーレベル。パートナープログラムに登録している状態。	登録のみ。実績・スキルの要件なしまたは低。	初めてShopifyパートナーになる企業／個人向け。
Shopify Select Partner	小～中規模のEC支援実績を持つパートナー。	過去5年で紹介・共同販売支援で年間収益$10万以上、独自導入支援で年間$50万以上、導入支援ECサイト数が通常プランで10サイト以上など。	比較的規模小、でも信頼できる支援会社を選びたいクライアント向け。
Shopify Plus Partner	中規模～やや高度な支援ができるパートナー。	具体金額は明確に出ていない記事もありますが、Select以上の実績・スキル要件を想定。	通常プラン・一部Plusプランでの構築・運用対応が可能。
Shopify Premier Partner	大規模・複雑案件／高度なシステム連携・運用支援が可能なパートナー。	過去5年で紹介・共同販売支援で年間収益$200万以上、独自導入支援で年間$1,000万以上、Plusプラン以上で4サイト以上など。	企業向け／大規模ECのリニューアル・複雑連携型案件対応向け。
Shopify Platinum Partner	最上位ランク。グローバル大手／非常に高い実績・スキルをもつパートナー。	過去5年で紹介・共同販売支援で年間$500万以上、独自導入支援で年間$2,500万以上、Plusプラン以上で6サイト以上など。	非常に高レベルな支援体制・グローバル展開も視野の企業に対応。

Shopifyでのサイト制作・構築実績はどの程度か？

制作会社を選ぶ際はShopifyのサイト構築・制作実績が豊富かどうか、過去の事例を参考にするといいでしょう。またShopifyのサイト構築以外にも、ECサイトの制作・運用経験があることも重要です。 ECサイトを得意とする制作会社であれば、売れるために必要な技術やノウハウを持っていると考えられるため、後のサイト運用時に機能追加や作り直しが発生するリスクを抑えられるでしょう。

Shopifyを制作・構築後の運営代行などサポートが充実しているか？

Shopifyでサイトを構築した後の運営サポートも、制作会社選定の重要なポイントです。サイト構築のみで終了する会社もあれば、運営後のサポートが手厚い会社もあります。
ECサイトが完成した後に、今後の運営も見据えた柔軟なサポートが提供できるか、運用時の成果や支援内容を含めて比較検討することが必要です。

制作会社やECコンサルの選び方について、Youtubeでもご紹介しております。ぜひご覧ください！

Shopifyのおすすめの運営代行・制作会社

Shopifyおすすめ運用代行会社比較表

株式会社Proteinum

参照元：https://proteinum.co.jp/

当社株式会社ProteinumはECコンサルティング事業およびD2C事業を展開する会社で、初期0円で楽天市場やECコンサル出身者がページ作成/運営代行/戦略策定・実行支援/コンサルティングを行っています。

ProteinumのEC運営代行/コンサルサービスは、2021年に第3者機関による調査で3部門（信頼度/自社に導入したい/売上アップが期待できる）1位 を獲得し多くの経営者から支持されています。

楽天市場出身・ECコンサル経験者で様々な店舗のコンサルティング活動に従事した経験を持つスタッフが、売上UPに直結する高品質なサービス（コンサル～運営代行まで）を提供。EC事業における戦略構築から実行支援・ECサイト制作まで一貫して対応を行います。

株式会社これから

参照元：https://corekara.co.jp

株式会社これからは、自社ネットショップの支援実績No.1を謳う実績豊富な会社です。Shopifyのサイト制作以外にも、Webサイトの分析・改善、SEOやSNSといった販促支援を一任できる点が強みになります。 ・ECサイトの制作が完了した後でも分析サポート実施 ・広告自動配信ツール「AdSIST」を提供 ・集客・分析・更新支援の提供 数多くECサイトの構築してきた経験を活かし、統計データをもとにユーザーが探しやすく購入しやすいサイト設計にこだわっています。 ホームページに制作実績が多数掲載されています。どのようなイメージのECサイトを製作できるのか参考にしてみてください。

アートトレーディング株式会社

参照元：https://art-trading.co.jp/

15年以上の実績と200社以上のEC運営経験を活かし、ECサイト構築からフルフィルメントまで一貫してサポート。Shopify構築はもちろん、運営・物流・カスタマーサポートまでワンストップで対応可能です。単なる制作にとどまらず、商品の魅力や業界分析を踏まえた“売れるECサイト”を提案します。EC運営ノウハウを発信する無料公式LINEも配信中。これからECを始めたい方も、ぜひご活用ください。

コマースメディア株式会社

参照元：https://commerce-media.info/

コマースメディア株式会社はECサイトの構築・運営に特化した制作会社です。 クラウドファンディングサイトKickstarterから認定を受けたり、国内のECサイト作成に関しての経験豊富なメンバーが揃っているため、色々な用途に応じたサイト構築が可能となっております。 バックオフィス面にも強く、日本では数少ないShopify Plusのサイト運営も行っているのが特徴です。

トランスコスモス株式会社

参照元：https://www.trans-cosmos.co.jp/

トランスコスモスとトランスコスモス技術研究所は、Shopifyのエンタープライズプラン「Shopify Plus」での優れた成果をもつ提携企業として認定された公式パートナーとなっています。 開発力と運用ノウハウがあり、ECシステム構築からECサイト運用、マーケティング、受注・在庫管理、フルフィルメント、カスタマーサポートまで、ECに必要なすべての機能をワンストップで提供することができます。

世界へボカン株式会社

参照元：https://www.s-bokan.com/

世界へボカンは越境ECのマーケティングを強みとしています。 海外向けリスティング広告の運用・SEOなどのサービスを提供、社内には越境マーケティングに精通しているスタッフが多く在籍しています。 社名の通り、海外マーケティングに関しては国内No.1の実績があります。

株式会社アイル

参照元：https://www.ill.co.jp/

株式会社アイルは複数ネットショップの商品・在庫・受注・発注・仕入の一元管理ができる「CROSS MALL（クロスモール）」を展開しています。 「Shopify」のアカウント開設やプラグイン追加、ブランディング、ディレクション、デザイン、サイト制作、運用サポートといったフロント業務支援に加えて、「Shopify」とネットショップ一元管理サービス「CROSS MALL（クロスモール）」とのAPI連携によるバックヤード支援まで、ネットショップ運営を一貫して支援しています。

株式会社Cave de Script

参照元：https://cavedescript.com/

株式会社Cave de Scriptは、Shopifyを用いたサイト制作を得意としており、専門のエンジニア育成にも力を入れています。制作に関しては、ディレクターからエンジニアまで、全員がShopify専門の教育を受けているため、制作において非常に高い品質を保っています。

株式会社プレイビット

参照元：https://playbit.co.jp/

株式会社プレイビットは、大手からスタートアップまで幅広く支援しており、既存システムからの乗り換えや外部システム連携もサポートしています。またECサイト運用の経験豊富なメンバーによる戦略策定から構築・運用までをトータルサポートが可能です。

株式会社Roseau Pensant

参照元：https://roseaupensant.jp/

株式会社Roseau Pensantは、ECビジネススキームの構築からECシステムの設計、集客・運用・顧客化、オペレーションの構築までECビジネスをトータルで支援しています。販促からブランディング・マーケティング領域のサポートを得意としており、大手からブランドサイトまで実績も豊富です。

株式会社R6B

参照元：https://r6b.jp/

株式会社R6Bは、豊富な実績を誇るECサイト構築会社です。サブスク、B2B、D2C、画像・映像撮影、O2O、越境ECなど、幅広いニーズに対応したサイトを提供しています。特に、Shopifyで月商1億円を超える自社ECの事例が10社以上あり、資金調達を必要とするスタートアップにも最適な提案が強みです。

Shopify運営代行の費用体系

Shopify運用代行の費用は、目的や業務範囲によって大きく異なります。Proteinumでは、「運用の伴走」と「成果創出」のバランスを重視し、3つの料金プランを用意しています。
Shopify運営体制を持たない企業様でも、月次の分析から改善実行まで一気通貫で支援可能です。

料金モデルの考え方

運用代行費用は主に以下の3パターンがあります。

• 月額固定型：安定的に施策を回したい企業向け。予算管理がしやすい。
• 成果報酬型：リスクを抑えつつ、売上アップを狙う企業向け。
• ハイブリッド型：固定＋成果報酬の組み合わせ。柔軟性が高く、成長フェーズに最適。

Proteinumでは、成長ステージやKPIに合わせてプランをカスタマイズします。

料金比較表

プラン	月額費用（税込）	初期費用	主なサポート内容	成果報酬目安	契約期間
ライトプラン	15〜25万円	10〜30万円	更新代行／分析レポート／簡易改善提案	なし	3ヶ月〜12ヶ月
スタンダードプラン	35〜60万円	30〜50万円	施策設計／広告・CRM連携／ABテスト／サイト制作	売上の3〜5%	3ヶ月〜12ヶ月
グロースプラン	80〜150万円	50〜100万円	戦略立案／開発伴走／越境・D2C強化／サイト制作	売上の5〜8%	3ヶ月〜12ヶ月

※上記は目安です。商材単価・流通規模・アプリ連携内容により変動します。

運用代行プラン別の特徴

ライトプラン
運用体制はあるが、手が回らない更新や分析を外部化したい方向け。月次レポートでボトルネックを明確化し、改善の優先順位付けを行います。

スタンダードプラン
広告運用・CRM改善・LP最適化などを含む中核プラン。売上向上フェーズに最も選ばれています。データに基づく改善提案と定例ミーティングを実施します。

グロースプラン
中長期的なEC成長を見据えた包括的支援。アプリ開発・システム連携・LTV改善までをトータルでサポート。自社内のデータ分析基盤構築も支援可能です。

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費用が変動する主な要因

• 月商規模・アクセス数：分析頻度や改善工数に比例
• 商品点数・SKU数：データ更新や分析の手間に影響
• 広告運用の有無：媒体数やクリエイティブ制作範囲
• 開発支援の要否：テーマカスタマイズやアプリ開発工数
• 海外展開・D2C対応：複数通貨・言語対応が必要な場合

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よくある質問（FAQ）

Q1. 最低契約期間はありますか？
A. Shopifyの改善効果を安定して出すため、6〜12ヶ月の契約を推奨しています。

Q2. 成果報酬の対象はどの範囲ですか？
A. 基本は**Shopifyの純売上（返品・自社割引を除く）**を基準に算出します。Google Analytics 4 などの計測データを共有し、透明性のある運用を行います。

Q3. プラン変更は可能ですか？
A. 可能です。施策状況や成果に応じて、契約期間単位で柔軟に見直しできます。

Shopify運用代行を選ぶなら“KPI設計力”で比較すべき理由

─ 成果が出る代行会社は「数字のどこを見るか」が明確

Shopify運用代行を選ぶ際、多くの企業が「どの会社が安いか」「実績はあるか」「制作も広告もできるか」といった表面的な条件で比較しがちです。
しかし、実際に成果の差がもっとも大きく現れるのは “KPI（重要指標）をどう設計し、どう改善していくか” という部分です。

Shopifyの運用は、ただサイトを更新したり広告を回したりするだけでは成果は出ません。
「どの数字を改善すべきなのか」を正しく判断し、フェーズに合わせて具体的な施策と結びつけることが、EC売上の伸びに直結します。

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1. Shopify運用代行の質を決めるのは「KPI設計力」

どんなに経験豊富な代行会社であっても、

• 課題がどこにあるのか
• 売上を伸ばすために何を改善すべきか
  が判断できなければ成果にはつながりません。

特にShopifyでは以下の構造で売上が決まるため、どの数字を改善するかの優先順位が極めて重要です。

売上 = アクセス × CVR × 客単価（AOV） × リピート率（LTV）

つまり運用代行の力量は、
「この数字を改善するために、こういう施策を行います」
という KPIと施策の一貫性 に表れます。

例えば、

• CVRが低いのに広告だけ強化する
• LTVが課題なのにメルマガ運用の提案がない
• AOVが低いのにアップセル導線を改善しない

といったケースは、KPI分析が適切に行われていない可能性が高く、成果に直結しません。

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2. Shopifyストアのフェーズ別に見るべきKPI

一般的な解説記事では「CVR」「AOV」「ROAS」などの指標をただ羅列しているだけですが、
本来KPIは ストアのフェーズによって大きく変わります。

フェーズごとの指標を理解できる代行会社こそ成果が出せる会社です。

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▼ ① “立ち上げ〜初期”フェーズ：まずは「買われる状態」を作る

この段階では、集客よりも 導線改善と商品ページの信頼性強化 が最優先です。

▪見るべきKPI

• CVR（購入率）
• 商品ページ離脱率
• カート追加率
• レビュー数・レビュー評価
• ファーストビューのスクロール率

▪よくある課題と改善施策

• レビューが少なくCVRが上がらない → 購入者へのレビュー取得施策を強化
• 商品情報が薄く滞在時間が短い → FAQ・比較表・ストーリー追加
• カート離脱が多い → 決済方法追加、送料条件の見直し

初期フェーズで最優先なのは、顧客が安心して購入できる状態の構築です。
この段階で広告に投資しても、CVRが低ければコストが無駄になります。

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▼ ② “成長〜拡大”フェーズ：認知・集客・利益率の最適化

ここでは 広告・AOV・CVRの複合改善 が重要になります。

▪見るべきKPI

• ROAS / ROI
• CPO（新規獲得単価）
• AOV（平均注文額）
• 再訪率（広告以外の流入比率）

▪よくある改善案

• AOVが低い → セット購入・アップセル・カートオプション追加
• ROASが安定しない → LP改善、広告クリエイティブのABテスト
• CPOが高騰 → キーワード見直し、リターゲティング強化、LINE誘導

このフェーズの代理店の力量は 広告に頼りすぎず、サイト側の改善も提案できるか に現れます。

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▼ ③ “安定成長〜LTV最大化”フェーズ：最も利益率が上がる段階

新規獲得よりも、既存顧客の価値最大化が主戦場。

▪見るべきKPI

• LTV（顧客生涯価値）
• 定期継続率／解約率
• LINE・メルマガの開封率／クリック率／再購入率
• リピート購入までの日数

▪よくある改善案

• 解約理由を分析 → 上位理由を改善し継続率を向上
• LINEステップ配信 → セグメント別に購入提案
• 再購入までの日数短縮 → プッシュ通知やクーポン設計

LTVが改善すると、広告のCPOが高くても事業全体の収益が最大化し、安定性が増します。

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3. “成果が出ている代行会社”を見抜くチェックポイント

ここからは実際に運用代行会社を比較する際に必ず見てほしい判断基準です。

どれか一つでも欠けている会社は、成果が出づらい可能性が高いです。

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① KPIと施策が論理的につながっているか？

悪い例：

• 「アクセスを増やしましょう」
• 「広告を回しましょう」

良い例：

• 「CVRが1.2% → 業界平均2%以上。改善施策としてレビュー強化・FAQ追加を実施します」
• 「AOVが6,000円 → アップセルを導入し8,000円を目標にします」

“なぜその施策をするのか” が説明できる会社は成果が出ます。

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② Shopifyのアナリティクスから適切な指標を見ているか？

Shopifyは特有のデータ構造があり、

• どのレポートを見るか
• どの指標が売上に影響するか

を理解しているかは重要です。

▪代表的なレポートと判断ポイント

データ	確認方法	判断基準
コンバージョン率	アナリティクス > コンバージョン率	1%未満は要改善
カート離脱率	行動 > カート分析	送料・決済手段が原因のことが多い
AOV	売上レポート	アップセル導入で平均15〜30%改善可能
LTV	顧客レポート	施策有無で大きく変わる指標

これらを理解していない代行会社はデータ分析が表面的になりがちです。

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③ 施策に“優先順位”があるか？

良い代行会社は施策を インパクト × 実装難易度 で判断します。

例：優先度の高い施策

• カート離脱の原因改善（即効性が高い）
• AOV改善（利益率向上に直結）
• TOPページ動線改善（どの流入にも効果がある）

「とりあえず広告」ではなく、事業全体にとって費用対効果の高い施策から手をつける体制が必要です。

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④ 月次レポートが“報告だけ”になっていないか？

成果が出るレポートは以下の3点セットです。

1. データ分析（原因説明）
2. 改善施策（次にやること）
3. 検証タイミング（いつ数字を見るか）

悪い例：

• 「今月は売上が◯万円でした。広告のクリック数は…」
  （報告だけで、何を改善するかが分からない）

良い例：

• 「CVRが0.8%に低下 → レビュー数減が要因 → 次月レビュー施策を実施 → 2週間後に再計測」

PDCAが回る代行は、長期的に売上の安定成長につながります。

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4. Shopify運用代行の“成果”を判断する基準まとめ

比較すべきポイントを一覧化すると次の通りです。

項目	良い運用代行	注意すべき代行
KPI設定	フェーズに応じて明確	KPIが曖昧
施策提案	KPIと紐づいている	とりあえず広告／更新だけ
データ分析	Shopifyのデータを深く分析	表面的な数字報告のみ
A/Bテスト	定期的に実施	そもそも提案がない
レポーティング	改善策と根拠が明確	「今月の実績報告」で終わり
LTV改善	CRM提案が豊富	新規獲得だけを推奨

この表を基準にすれば、 “安いだけの代行” と “成果の出る代行” を確実に見分けられます。

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5. Shopify運用代行を選ぶ際の最終アドバイス

最後に、運用代行選びで最も重視すべきポイントは 「KPIと施策の一貫性があるか」 です。

• なぜその数字を見るのか
• なぜその施策を行うのか
• その施策は何日にどう測定するのか

これらが明確に説明できる会社は、長期的にあなたのEC事業を成長させることができます。

逆に、

• 広告だけに偏っている
• 月次レポートが報告で終わる
• Shopifyデータの読み方が浅い

といった会社は、短期的に売上が伸びても長期的な利益に結びつかないことが多いです。

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まとめ

Shopify（ショッピファイ）の運営代行や制作会社を依頼する時に考慮すべきポイントと、おすすめの制作会社を13社紹介しました。 Shopifyには、ECサイトをこれから新しく立ち上げる企業から、既に大規模なECサイトを運営している企業まで、さまざまな規模のECサイトが存在します。 今回紹介した運営代行・制作会社はいずれも実績が豊富で、Shopifyのみならず様々なECプラットフォームでの制作が可能な会社です。 また、Shopify ExpertsやShopify Plus Partnersに認定されていない制作会社であっても、 制作実績が豊富で物流やマーケティングなど、総合的にサポートしてくれる会社は選択肢として考えて良いでしょう。 今回ご紹介した内容をもとに、自社にあった制作会社を探してみてください。